ドキュメントルートは、public_html配下であれば、お好きなフォルダを指定いただけます。
独自ドメインまたはサブドメインの設定時にご指定下さい。サーバー申し込みと同時に設定した独自ドメイン（新規登録、移管、他社管理）の場合、ドキュメントルートは「/public_html」となり、変更はできません。

参考URL

• 独自ドメインの設定方法
• サブドメインの設定方法
• ドキュメントルートをpublic_html配下以外にできますか？