ご契約サーバープランのSSD容量以内であれば、アップロードのファイル数に制限はありません。

FTPでファイル名を取得する際に、フォルダ内に大量のファイルがある場合はエラーにより表示出来ない場合があります。

また、一度に大量のファイルをアップロードした場合にエラーが発生することがあります。エラーが出る場合はファイル数を減らし複数回に分けてアップロードするか、ZIPなどで圧縮してからアップロードし、アップロード後にサーバー側で展開して下さい。